Amun-her-khepeshef mất vào khoảng năm 25 của Ramesses. Ông được chôn cất tại KV5, là một ngôi mộ lớn dành để chôn cất những người con trai của Ramesses. Theo cuốn sách Xuất Hành, Amun-her-khepeshef chết vì bệnh dịch hạch vào lúc đó[3][4].

Hộp sọ bị vỡ của ông được phát hiện tại đó cùng những chiếc bình nội tạng có khắc tên của ông. Ngoài ra 4 bộ xương của những hoàng tử khác cũng được tìm thấy[3].